基于TCGA数据库分析肝细胞癌组织UCK2、PRIM1和DNTM1基因水平对患者预后的影响

摘要：

目的 通过分析TCGA数据库肝细胞癌(HCC)组织基因组数据,分析差异基因,寻找影响肝癌患者预后的分子标志物.方法 搜索癌症基因图谱(TCGA)数据库,查找HCC组织差异基因及临床和病理学资料,进行基因筛选和生存分析.根据差异基因水平,以fdr=0.05和lgFC=1为筛选依据,绘制生存曲线,选择基因集"c2.cp.kegg.v6.2.symbols.gmt"行KEGG富集分析.结果 在TCGA-LIHC数据库,收集374例HCC组织和50例癌旁组织所对应的临床和病理学参数;高风险组HCC患者总体生存率显著低于低风险组患者;研究筛选出具有显著水平性基因DNTM1、PRIM1和UCK2,进行GSEA富集分析,GSEA显示了许多显著丰富的信号通路,进一步证明了上述基因与HCC发生及与患者预后的显著性关系,从而揭示了HCC组织DNTM1、PRIM1和UCK2基因水平对生存有显著性影响.结论 通过TCGA数据库筛选和验证,发现HCC患者癌组织UCK2、PRIM1和DNTM1基因水平显著上调,而CYP2C9基因显著下调,它们可以作为肝癌的分子标志物而指导临床,判断预后.

关键词：肝细胞癌;TCGA数据库;差异基因;COX回归模型;UCK2;PRIM1;DNTM1

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资助基金：国家自然科学基金重大课题编号:2018ZX10725-505-001

在线出版日期：2021-09-14（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：729-732