基于WGCNA分析筛选c-MYC/Bcl-2重排弥漫大B细胞淋巴瘤的关键基因

摘要：

目的:筛选c-MYC/Bcl-2 重排的弥漫大B细胞淋巴瘤(diffuse large B-cell lymphoma,DLBCL)潜在的高风险致病基因及致病通路,为此类淋巴瘤的发病机制提供理论依据.方法:从基因表达数据库(GEO)下载GSE44164 及GSE43677 数据集,选择c-MYC/Bcl-2 重排的DLBCL数据为实验组、生发中心B细胞为对照组.采用R程序语言的limma包、WGCNA包及clusterProfiler包对获得的mRNA转录组数据进行差异表达分析、基因共表达变化分析、GO功能富集分析与KEGG信号通路富集分析.使用STRING数据库对差异表达基因(DEGs)进行蛋白互相作用网络分析,并使用Cytoscape软件内置的插件(包括Cyto-Hubba及CytoNca插件)筛选核心基因.采用第二代高通量测序技术对IM-9 细胞系及DOHH-2 细胞系进行mRNA转录组测序,使用Read count值将核心基因进行配对样本t检验,筛选P值具有统计学意义的基因为疾病的核心基因.挑选部分关键基因使用Western Blot技术在蛋白层面进行验证.结果:差异分析共得到835 个DEGs,WGCNA获得一个与c-MYC/Bcl-2 重排的DLBCL高度相关的模块(turquoise模块,cor =0.86,P值<0.05).GO富集分析结果显示生物学进程BP共富集到 1 437 条,细胞组分CC富集到123 条,分子功能相关MF富集到147 条;KEGG富集到72 条相关通路,主要与ECM受体相互作用、B细胞受体信号通路及PI3K-Akt信号通路等相关.STRING数据库中PPI网络共得到284 个相互关联作用的蛋白质,通过 Cytoscape 软件进一步筛选,再通过二代高通量测序及蛋白验证得出 COL1A1、COL3A1、COL1A2、MMP2、COL5A1、COL5A2、COL4A2、TIMP1、MMP9、POSTN、BGN、DCN、LUM为此类淋巴瘤的核心基因,影响此类淋巴瘤细胞生存、侵袭和迁移等.结论:使用生物信息学及基础实验相结合的方法探究与c-MYC/Bcl-2 重排的DLBCL淋巴瘤细胞致病或侵袭迁移等相关的关键基因,为更深入地探索此类淋巴瘤发生发展机制及寻找相关靶向药物提供理论依据.

关键词：高级别B细胞淋巴瘤、弥漫大B细胞淋巴瘤、基因重排、医学生物信息学、生物标志物

所属期刊栏目：32

分类号：R733.4(肿瘤学)

资助基金：军队后勤科研项目;国家老年疾病临床医学研究中心开放课题;国家重点研发计划

在线出版日期：2024-01-24（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：96-103