南海陆坡沉积物细菌丰度预测

摘要：

分别利用参数模型和无参数估计法预测南海陆坡沉积物柱MD05-2896中的细菌丰度.基于非培养的PCR-RFLP的16SrRNA基因分子技术,扩增了沉积物柱中的细菌16S rRNA基因序列,并构建16S rRNA基因文库.系统发育分析表明16S rRNA基因文库中,大多数序列属于17个已知的“门”.分别以99％、97％、90％和80％序列一致性作为分类单元分界点,将16SrRNA基因序列组群为分类单元.使用逆高斯分布模型、对数正态分布模型、负二项式分布模型、帕雷托分布模型、双指数分布模型以及ACE、ACE-1等估计方法预测不同分类单元分类水平下的细菌丰度.结果表明在“种”级分类水平上,负二项式分布为最优估计模型,估计细菌丰度为244±10(SE).不过,受实验条件的限制,该估计值可能偏低.

关键词：细菌、物种丰度、南海、沉积物

所属期刊栏目：33

分类号：P7 ;P61

资助基金：国家重点基础研究发展规划项目2007CB815904;国家自然科学基金项目40510487,41276125

在线出版日期：2015-10-21（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：286-293