敲除trim47基因斑马鱼脑和脾的比较转录组学分析

摘要：

用CRISPR/Cas9技术敲除斑马鱼(Danio Rerio)的trim47,收集TRIM47–/–(trim47基因敲除)和WT(野生型)斑马鱼的大脑和脾脏进行RNA-seq分析,以鉴定差异表达基因(DEGs).总共确定了271个DEGs,经过简要分析,将这些DEGs注释为KEGG途径和GO富集分析,与WT组相比,TRIM47-/-组的脑中DEGs集中在细胞黏附和谷氨酸能突触信号传导途径中.在脾脏中,与野生型组相比,TRIM47-/-组的DEGs在补体和凝血级联信号通路中发生了变化.使用qRT-PCR验证了脑和脾中与补体途径相关的基因,与转录组数据一致.这些结果表明,Trim47在脾脏和大脑中起着重要的生物学作用,尤其是通过补体途径参与先天免疫功能.体内感染实验表明,trim47基因敲除可提高斑马鱼中鲤春病毒血症病毒(SVCV)的感染率.总之,这些发现为TRIM成员在先天免疫中的功能提供了新线索.

关键词：TRIM47、敲除、差异基因、斑马鱼

所属期刊栏目：45

分类号：Q344+.1(遗传学分支学科)

在线出版日期：2021-06-04（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共12页

页码：495-506