副地衣芽孢杆菌FA6全基因组测序及比较基因组学分析

摘要：

副地衣芽孢杆菌(Bacillus paralicheniformis)FA6是一株从草鱼肠道内分离出来的细菌,其具有淀粉酶和纤维素酶等多种碳水化合物酶活性.为深入研究副地衣芽孢杆菌FA6可能的益生机制,研究通过三代测序技术测定了副地衣芽孢杆菌FA6的全基因组序列,运用生物信息学方法进行基因组组装、基因预测和功能注释.同时通过比较基因组学方法,比较分析了副地衣芽孢杆菌FA6与4株基因组序列已经发表的芽孢杆菌基因组结构和功能的差异.结果发现副地衣芽孢杆菌FA6全基因组由1条环状染色体组成,大小为4450579 bp,GC含量为45.9％.副地衣芽孢杆菌FA6基因组中含有128个蛋白酶基因,32个脂肪酶基因和72个糖苷水解酶基因,这些基因与食物降解相关;此外,细菌基因组中还含有7个编码羊毛硫抗生素相关的基因.比较基因组结果显示,副地衣芽孢杆菌FA6与其他4株芽孢杆菌的基因组共线性关系较好,但是与地衣芽孢杆菌菌株相比,菌株FA6基因组特征更接近于副地衣芽孢杆菌菌株.副地衣芽孢杆菌FA6基因组中编码纤维素酶、半纤维素酶和淀粉酶的基因数量分别为5、7和5个,多于其他菌株,能够更好地降解植物多糖.研究结果表明副地衣芽孢杆菌FA6高度适应植物性成分,反映了该菌株在草鱼肠道中的适应性进化,该菌株可能可以作为益生菌用于水产养殖.

关键词：副地衣芽孢杆菌、全基因组测序、比较基因组学、碳水化合物活性酶

所属期刊栏目：44

分类号：Q344+.1(遗传学分支学科)

资助基金：国家自然科学基金31872612;现代农业产业技术体系建设专项资金CARS-45-15

在线出版日期：2020-04-10（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：261-267