33种鱼类微型反向重复转座元件鉴定

摘要：

微型反向重复转座元件(MITEs)是一类短的非自主DNA转座子,其分布的位置会对宿主产生影响.文章使用生物信息学的方法对无颌类、软骨鱼纲、肉鳍鱼纲和辐鳍鱼纲鱼类基因组进行了MITEs预测,最终在33种鱼类基因组中鉴定出243 3个MITEs家族.文章发现鱼类基因组中MITEs含量存在较大差异(0.11％-21.18％),并且MITEs含量与鱼类基因组大小呈正相关关系.根据末端重复序列(TIRs)和靶位点重复序列(TSDs)的特征将MITEs分为10个超家族,其中TC1-Mariner超家族的含量最高.MITEs在鱼类基因组中的插入事件主要发生在4百万年前至今,大多数物种的MITEs在2百万-0.5百万年前发生了爆发式扩增.鱼类基因组中的MITEs多数插入到基因内部或附近,这些转座子可能在基因的表达调控方面存在重要作用.

关键词：微型反向重复转座元件(MITEs)、鱼类、插入时间、分布位置

所属期刊栏目：44

分类号：Q344+.1(遗传学分支学科)

资助基金：国家自然科学基金31572254和31872204

在线出版日期：2020-04-21（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：1-9