基于简化基因组测序的大黄鱼耐高温性状全基因组关联分析

摘要：

利用Illumina HiSeqTM 2500测序平台,对通过高温胁迫实验筛选得到的20尾耐高温和20尾不耐高温的大黄鱼(Larimichthys crocea)进行了简化基因组测序(SLAF-seq),每个样本的平均测序深度达到10.26×,共获得419211个高质量的群体单核苷酸多态性(SNP)位点.利用TASSEL软件的混合线性模型(MLM)进行全基因组关联分析(GWAS),共筛选到38个与大黄鱼耐高温性状显著相关的SNP位点(P<2.39E–08).利用BLAST程序定位每个SNP位点在大黄鱼基因组中的位置,并分析其周围的功能基因.结果在38个SNPs附近共找到26个已知的功能基因,这些基因主要与细胞转录、代谢、免疫等功能相关.研究结果可为下一步大黄鱼耐高温分子机制解析及耐高温品种的选育提供参考.

关键词：大黄鱼、高温胁迫、简化基因组测序、单核苷酸多态性、全基因组关联分析

所属期刊栏目：41

分类号：Q344+.1(遗传学分支学科)

资助基金：国家自然科学基金31172397和31402339;福建省高等学校新世纪优秀人才支持计划JA14167资助[Supported by the National Natural Science Foundation of China31172397, 31402339;the New Century Excellent Talents of Fujian Province University JA14167]

在线出版日期：2017-07-11（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：735-740