绝经后骨质疏松差异表达基因的免疫浸润机制及潜在中药预测
目的 综合生物信息学方法分析绝经后骨质疏松(Postmenopausal osteoporosis,PMOP)的差异表达基因及免疫浸润机制,并预测治疗PMOP的潜在中药.方法 通过检索GEO数据库获取GSE56116数据集,利用R语言鉴别差异表达基因(DEG).利用STRING在线平台构建蛋白互作网络图(PPI),并通过Cytoscape 3.7.2软件进一步构建核心靶点网络图.应用DAVID数据库对差异基因进行GO功能和KEGG富集分析.CIBERSORT用于评估PMOP中免疫细胞的浸润.利用医学本体信息检索平台与差异基因相互映射,预测治疗PMOP的潜在中药.结果 共鉴定出971个DEG,其中包括541个上调基因,430个下调基因,并通过Cytoscape 3.7.2软件筛选得到SYK、FOS、LYN、IL4、HSPG2、ITGB1、RXRA、HCK等可能是与PMOP相关系的核心靶点.GO功能富集主要与甾醇代谢过程(Sterol metabolic process)、胆固醇代谢过程(Cholesterol metabolic process)、肽结合(Peptide binding)、产生超氧化物的NADPH氧化酶激活剂活性(Superoxide-generating NADPH oxidase activator activity)等生物功能相关.KEGG富集分析靶点主要富集在NF-kB信号通路(NF-kappa B signaling pathway)、fcεRI信号通路(Fc epsi-lon RI signaling pathway)、刺猬信号通路(Hedgehog signaling pathway)、MAPK信号通路(MAPK signaling pathway)、戊糖磷酸途径(Pentose phosphate pathway)等信号通路中.人参、三七、石斛、姜黄可能成为治疗PMOP的潜在候选中药.结论 利用综合生物信息学鉴别DEG、信号通路和免疫浸润有助于理解PMOP的发病机制,为理解与PMOP发生和发病相关的分子机制提供了理论依据,并为进一步探索中药治疗PMOP的作用机制提供了研究方法与策略.
绝经后骨质疏松、生物信息学、差异基因、免疫浸润、中药预测
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R681;R271.11+6(骨科学（运动系疾病、矫形外科学）)
国家自然科学基金;山东省自然科学基金重点项目
2022-06-02（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
共8页
447-453,460
