GZMB基因cg16212145位点的异常甲基化芯片测定对胃癌早筛的价值

摘要：

目的 获得外周血单个核细胞(PBMC)来源的胃癌特异性全基因组甲基化图谱,探讨PBMC来源的甲基化位点在胃癌早期诊断中的临床价值.方法 采用850k甲基化芯片检测20例胃癌患者和20例健康对照者PBMC的全基因组甲基化状态,初步构建PBMC来源的胃癌特异性甲基化图谱,获得差异甲基化位点(DMPs).对DMPs所在的基因进行基因本体(GO)分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析,进行功能预测.利用基于随机森林的多因素过滤方法对DMPs进行统计筛选.对34例Ⅰ期胃癌患者和21例健康对照者进行基于二代测序的多重目的区域甲基化富集测序,验证筛选得到的位点.结果 甲基化芯片结果显示,与健康对照者比较,胃癌患者的PBMC具有独特的全基因组甲基化图谱,以|Δβ|>0.06、adjust P<0.05作为预筛选条件共得到5883个DMPs,包括2513个高甲基化位点和3370个低甲基化位点;GO分析和KEGG分析显示,5883个DMPs所在的2677个基因主要与MAPK信号通路、癌症中的转录失调相关.颗粒酶B(GZMB)基因cg16212145位点在胃癌患者的PBMC中呈高甲基化水平,差异具有统计学意义(Δβ=0.0807,adjust P=0.001).多重目的区域甲基化富集测序结果表明,CpG位点cg16212145的异常甲基化能够区分Ⅰ期胃癌患者与健康对照者(AUC=0.807,P<0.001).结论 胃癌患者具有PBMC来源的特异性全基因组甲基化图谱,GZMB基因cg16212145位点在胃癌患者的PBMC中呈现高甲基化水平,在胃癌的早期筛查中具有重要临床价值.

关键词：胃癌、DNA甲基化、外周血单个核细胞、早期筛查、标志物

所属期刊栏目：60

分类号：R735.2(肿瘤学)

资助基金：山东省重点研发计划;山东大学临床研究项目

在线出版日期：2022-07-13（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：26-34,40