基于改进贝叶斯优化算法预测蛋白质残基可溶性

摘要：

蛋白质的残基相对可溶性表征蛋白质残基在三级结构中与溶剂接触的程度,它反映蛋白质三级结构及功能位点的主要特征.文章通过引入免疫算法中的亲和度和浓度概念,提出了一种改进贝叶斯优化算法,形成了贝叶斯优化算法选择局部残基相对可溶性优化依据.利用改进贝叶斯优化算法对2148条蛋白链进行分类实验,分析了窗宽对结果的影响,计算了三组数据在最佳参数状态下平均预测精度为79.7%.与其它方法相比,从结果来看,改进贝叶斯优化算法具有更好分类预测性能.

关键词：贝叶斯优化算法、蛋白质残基、可溶性、预测

所属期刊栏目：22

分类号：TP311.13(计算技术、计算机技术)

资助基金：四川省教育厅项目资助08ZC053;泸州老窖集团股份有限公司科研基金资助2008LZLJ008

在线出版日期：2009-08-13（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共3页

页码：71-73