榆叶梅叶绿体基因组特征分析

摘要：

[目的]对榆叶梅(Amygdalus triloba)叶绿体基因组进行特征分析,并依据基因组序列数据构建系统发育树.[方法]通过Illumina HiSeq X Ten平台对榆叶梅叶绿体基因组进行序列测序、组装和基因注释,用生物信息学分析方法对其叶绿体基因组进行特征解析.[结果]研究发现榆叶梅叶绿体基因组大小和结构与经典被子植物相似.其蛋白编码基因共编码24 930个密码子,有29个偏好密码子.其中,亮氨酸密码子数目最多,占总量的10.56%.根据设置参数,发现榆叶梅叶绿体基因组中串联重复有15个.SSR(简单重复序列)大多位于基因间区IGS和LSC区域,位点有32个.[结论]榆叶梅与同亚属长柄扁桃(Amygdalus pedunculata)和李属(Prunus)毛樱桃(Prunus tomentosa)亲缘关系较近,但与同亚属的扁桃(Amygdalus dulcis)亲缘关系较远.

关键词：榆叶梅、叶绿体基因组、生物信息学、密码子偏好性、重复序列、系统发育

所属期刊栏目：42

分类号：S685.99(观赏园艺（花卉和观赏树木）)

资助基金：国家自然科学基金;河南省特色骨干学科建设项目;河南科技大学大学生研究训练计划项目;河南科技大学博士科研启动基金项目

在线出版日期：2024-09-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共11页

页码：861-870,917