山羊和藏羚羊全基因组微卫星分布规律及其生物信息学分析

摘要：

本文利用生物信息学方法搜索和统计了山羊和藏羚羊全基因组中完整型SSRs序列,并对其生物信息学特征进行比较分析.山羊和藏羚羊全基因组中SSRs总数量分别为920 300个和913 059个,占其全基因组长度的比例分别为5.56‰和5.39‰.山羊和藏羚羊全基因组SSRs六种重复类型的数量、比例、丰度和密度分布模式如下:单核苷酸SSRs＞二核苷酸SSRs＞三核苷酸SSRs＞五核苷酸SSRs＞四核苷酸SSRs＞六核苷酸SSRs,这六种重复类型SSRs特征相互比较有显著差异,而相同重复类型SSRs特征基本一致.山羊基因5'端非翻译区和外显子区均是三核苷酸SSR丰最丰富,其次依次是单核苷酸、二核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸;而其3 '端非翻译区和内含子区均是单核苷酸SSR最丰富,其次依次是二核苷酸、四核苷酸、三核苷酸、五核苷酸和六核苷酸.山羊第1条染色体上SSRs数量最多,其次依次是第2条、X染色体、第6条、第4条和第8条染色体,而较少的是第25、28条染色体,所有染色体上SSRs丰度不存在显著差异.山羊和藏羚羊全基因组各重复类型优势SSRs序列基本一致,并与牛、绵羊全基因组中不同重复类型SSRs优势序列相一致.

关键词：山羊、藏羚羊、基因组、微卫星序列、生物信息学

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分类号：S827;Q95(家畜)

资助基金：重庆市教委科学技术研究项目KJ1401004;重庆市万州区科技计划项目201403068;重庆市基础与前沿研究计划项目cstc2015jcyjA80016

在线出版日期：2016-09-22（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：937-944