一种基于彩色编码技术的基序发现算法

王建新陈建二黄元南

中南大学;

摘要：

从DNA序列中发现基序是生物计算中的一个重要问题,序列条数K=20包含基序用例的序列条数k=16的(l,d)-(K-k)问题(记作(l,d)-(20-16)问题)是目前生物学家十分关注的基序发现问题.针对该问题提出了一种基于彩色编码技术的SDA(sample-driven algorithm)搜索算法--彩色编码基序搜索算法(color coding motif finding algorithm,简称CCMF算法).它利用彩色编码技术将该问题转化为(l,d)-(16-16)问题,再采用分治算法和分支定界法来求解.在解决将(l,d)-(20-16)问题转化为(l,d)-(16-16)问题时,CCMF算…展开v

关键词：彩色编码技术、基序发现、着色、(l、d)-(K-k)问题、算法优化

所属期刊栏目：18

分类号：TP301(计算技术、计算机技术)

资助基金：国家自然科学基金30370418;90209008;60302016;60532050;30500131;国家自然科学基金60225008;海外杰出青年研究基金30528027;北京市自然科学基金4051002;4042024

在线出版日期：2007-07-23（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：1298-1307