一种DNA测序纠错算法

摘要：

提出了一种新的测序纠错算法.该算法在对测序数据拼接之前对其进行检查,找出并修正测序序列中的错误.该算法将测序数据映射成欧拉超路,并通过一种称为合并变换的等价变换,通过一系列规则的限制和引导,动态地对欧拉超路进行简化.在此过程中,该算法将错误的边和正确的边对应起来,再通过替换纠错过程消除错误.在对T.tengcongensis(TT)和T.whipplei(TW)两个数据集的测试过程中,这种方法分别找出并修正了86%和83%的错误,而原欧拉序列拼接中的纠错算法对这两组数据集的纠错结果只有71%和53%.

关键词：纠错、序列拼接、DNA测序、欧拉超路、合并变换

所属期刊栏目：17

分类号：TP391(计算技术、计算机技术)

资助基金：中国科学院资助项目60273007;中国教育科研网格计划

在线出版日期：2006-03-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：193-199