橡胶草转录组SSR信息分析与标记开发

摘要：

为了在总RNA水平上揭示橡胶草SSR分布规律和特性,利用GRAMENE网站提供的SSR鉴定工具SSRIT(Simple Sequence Repeat Identification Tool),对橡胶草6756条无冗余的EST分别进行SSR鉴定.结果共搜查到2761个1～6碱基SSR,出现频率最高的为单碱基重复基元类型,其次为三碱基重复基元类型与二碱基重复基元类型,分别为2139、338与219个,其出现频率分别为77.5％、12.2％与7.9％.AG/CT为二核苷酸中优势重复类型,占其总数的73.1％;而AAG/CTT与ACC/GGT则为三核苷酸中优势重复类型,二者分别占三核苷酸SSR总数的24.3％与23.7％.设计了20对SSR引物并验证了它们在蒲公英属3个高度近缘种共24个不同个体中的存在情况.结果表明,引物扩增率为100％,多态率为95％,能够在DNA水平上将橡胶草(与其他2个高度近缘种短喙蒲公英(及药用蒲公英(有效地区分开.由此表明,将所开发的SSR标记用于橡胶草种质鉴定、蒲公英属不同种间多态性检测和彼此区分是可行的.

关键词：橡胶草、转录组、SSR、种质鉴定

所属期刊栏目：39

分类号：Q756(分子遗传学)

资助基金：中国热带农业科学院橡胶研究所基本科研业务费专项1630022018013;橡胶草种质资源评价、创新与良种繁育资助

在线出版日期：2019-05-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：42-46