分段位序比对法揭示两个序列之间关系

摘要：

采用同元素位序(REON)比对法可以减少50%以上的比对(无效比对),对于含有20种氨基酸(元素)的蛋白质序列可以减少95%左右的比对(无效比对),比对的效率还会随组成序列元素种类的增加而增大.如果结合合理的分段,可以进一步减少无用比对,合理的分段数可以使比对的复杂度趋于O(n)=～n.采用同位序差元素特征比较法(IODC)也可以实现复杂度无限趋近于n的目的.用同元素位序比对法比对两个细胞色素c只用了787次比对(是Needleman和Wunsch的动态规划法或Gibbs和McIntyre的点阵法的1/15),用REON比对法结合IODC比对DHAR的完整cds核酸序列(长度分别为645和693个核苷酸)只进行了15 526次比对(可以减少到约700次左右,而动态规划法与点阵法需要446 985次比对);比对DHAR的氨基酸序列(长度分别为210和214个氨基酸)只用了242次比对.而且插入与缺失不会对比对结果产生任何影响.

关键词：生物序列、位序比对、分段比对、特征比对、同位序差元素

所属期刊栏目：31

分类号：Q61(理论生物物理学)

资助基金：国家自然基金资助40761012

在线出版日期：2010-08-27（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：146-151