三种配体结合残基的识别

摘要：

配体结合残基的预测对蛋白质生物功能的理解提供重要的依据,也有助于药物设计和开发.ATP、GTP和NAD三种配体具有相似的化学结构,生物功能也有着紧密的联系,所以我们将ATP、GTP和NAD三种大分子配体作为一个系列,分别对蛋白质中ATP、GTP和NAD配体结合残基进行了识别.建立了ATP、GTP和NAD三种配体结合残基的数据集,分别包含结合残基3838个、1316个和3579个,序列相似性阈值为30％,分辨率阈值为3A.采用氨基酸组分信息为特征参数的离散增量算法和位点氨基酸保守性信息为特征参数的矩阵打分算法,对以上三种配体结合残基分别进行预测,结果并不理想;之后,我们将二级结构信息和表面可及性信息作为特征参数,并融合离散增量值、矩阵打分值和自相关协方差值,输入支持向量机对结合残基进行预测,得到了较好的预测结果.5交叉检验结果下的ATP、GTP和NAD配体结合残基预测总精度分别为77.4％、82.1％和85.3％;相关系数分别为0.549、0.643和0.702.

关键词：离散增量算法、矩阵打分算法、二级结构信息、表面可及性、支持向量机

所属期刊栏目：34

分类号：Q61(理论生物物理学)

资助基金：国家自然科学基金31260203

在线出版日期：2016-05-23（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共10页

页码：260-269