蛋白质磷酸化位点的识别

摘要：

磷酸化是蛋白质重要的翻译后修饰之一,磷酸化位点的理论识别是计算生物学的重要研究内容.磷酸化位点附近存在保守残基片段,而这种保守性又与激酶类型相关.选择注释数据相对较多的CK2,PKA和PKC三种激酶催化的磷酸化位点作为研究对象,以序列组分特征,残基位置特异性特征和残基的非近邻关联特征为参数,采用延森-香农离散量(Jensen-Shannon Divergence,JSD)作为各特征差异度量,再使用二次判别分析算法组合不同特征,对磷酸化位点进行预测.对CK2,PKA和PKC三种激酶磷酸化位点7-fold交叉检验,总精度分别达到了90％,90％和86％,这一结果要好于当前其它预测模型.

关键词：蛋白质磷酸化位点、延森-香农离散量、二次判别分析

所属期刊栏目：30

分类号：Q61(理论生物物理学)

资助基金：内蒙古自然科学基金项目2010BS0104

在线出版日期：2012-02-21（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：108-115