多倍体同源区段二代测序生物信息学分析关键参数优化

武建楠陈肯王欢庞铂实周宇荀肖君华李凯

东华大学; 上海农林职业技术学院;

摘要：

[目的]多倍体植物同源区段单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)标记分型挑战颇大.本研究以四倍体陆地棉同源区段聚合酶链式反应(Polymerase chain reaction,PCR)靶向扩增子数据集为例,观测同源区段的影响并优化生物信息学分析方案.[方法]首先扩增并测序获得136个陆地棉样本DNA的包含潜在变异的3个区段,其次使用不同参数进行比对与SNP检出,最后比较优化不同方案分析结果的异同.[结果]常规分析发现,区段1的3个SNP位点和区段2的1个SNP位点在样本中均鉴定为野生型或纯合突变型,而几乎所有样本的区段3鉴定为杂合突变型.Blast分析…展开v

关键词：棉花、同源区段、单核苷酸多态性、靶向二代测序、基因分型

所属期刊栏目：33

分类号：R733.3;R329.24;R551.3

资助基金：上海市自然科学基金19ZR1436500

在线出版日期：2022-05-18（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共9页

页码：504-512