利用生物信息学数据库筛选药物药动学、药效学相关基因及其多态性位点

摘要：

目的 以抗抑郁药物西酞普兰为例,通过生物信息学数据库搜索和分析可能导致(艾司)西酞普兰个体化差异的基因及多态性位点,为药物基因组学研究的基因和位点选取模式提供参考.方法 选取3个常用免费生物信息学数据库GeneCards、UniProtKB和PharmGKB,以“西酞普兰OR艾司西酞普兰”用于基因的筛选.利用将筛选到的基因名称输入ClinVar数据库,筛选基因的多态性位点.以“西酞普兰OR艾司西酞普兰AND基因多态性”的搜索方式搜索PubMed和CBM文献数据并统计和比较搜索到的基因名称及出现频率.结果 从GeneCards、UniProtKB和PharmGKB生物信息学数据库中选取了共有的4个基因,在ClinVar中搜索到了这4个基因与临床药物应答相关的共19个多态性位点.而从PubMed上搜索到的文献中出现频率最高的前4个基因与GeneCards、UniProtKB和PharmGKB生物信息学数据库中搜索到的共有基因有较高的一致性.结论 利用GeneCards、UniProtKB、PharmGKB搜索基因+ClinVar搜索多态性位点的模式,能更快速准确地找到临床相关性更大的基因和多态性位点,相比搜索文献数据库的方式,能节约更多时间和精力,对研究设计阶段和统计阶段的数据降维处理也有一定的帮助.

关键词：生物信息学数据库、药物基因组学、基因多态性

所属期刊栏目：21

资助基金：国家临床药学重点专科建设项目30305030698

在线出版日期：2018-12-21（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：1073-1077