基于生物信息学筛选肝细胞癌关键基因及信号通路

摘要：

目的 采用生物信息学方法分析肝细胞癌(HCC)基因表达特征,探索HCC发生、发展机制.方法 由GEO数据库获取30个HCC组织样本(HCC组)及22个非HCC肝组织样本(对照组)的基因表达谱数据.应用基因集富集分析(GSEA)处理基因表达谱数据;使用GENECODIS软件对差异表达基因进行功能注释;应用Cytoscape软件对差异基因进行相互作用网络分析,筛选核心基因.结果 334个基因集在HCC组表型中表达上调,主要涉及细胞周期调控、RNA代谢、mRNA稳定性调控等生物过程;152个基因集在对照组表型中富集,主要涉及外源性物质代谢、细胞间信号传导等生物过程.通过Cytoscape软件进行相互作用网络分析筛选出HCC组核心基因6个,对照组核心基因5个.结论 细胞周期调控、遗传物质代谢等基因的异常表达参与了HCC的发生与发展;HCC细胞的物质、能量代谢等生理功能减退.

关键词：生物信息学、肝细胞癌、基因表达谱、基因集富集分析、相互作用网络

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分类号：R735.2(肿瘤学)

资助基金：广西卫生厅2014年科研课题;广西卫生厅2013年科研课题;柳州市科技局2018年科技计划项目;柳州市人民医院2014年博士硕士医学基础研究启动基金项目;柳州市人民医院2015年博士硕士医学基础研究启动基金项目

在线出版日期：2020-12-15（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：31-33,36