HCV 3b亚型全长序列测定及基线耐药相关置换的分析

摘要：

目的 探讨二代测序法(NGS)在HCV 3b全长序列及基线耐药相关置换(RAS)检测中的应用.方法 从1例2016年7月在广州血液中心献血的献血者(HCV RNA阳性)血浆中提取核酸,经序列非依赖性扩增后,构建测序文库并采用illumina Hiseq进行深度测序,然后通过生物信息学方法分析HCV全长序列、病毒基因分型以及针对直接抗病毒药物(DAA)的基线RAS.结果 NGS获得8.4 Gb原始测序数据,序列数(reads)超过56 M.经生物信息学分析获得HCV全长序列,平均测序深度为488007,基因分型结果为3b亚型.病毒氨基酸序列里含有12个RAS,分别是NS3区域的Y56H、Q80K、Q80R、A156G,NS5A区域的M28G、Q/A30G、Q/A30K、L31F、L31M、Y93H,以及NS5B区域的S282T和V321A,其中位于NS5A区域的Q/A30K和L31M属于高丰度RAS(99.16％和98.37％),其余10个RAS丰度较低(<0.5％).结论 NGS用于 HCV 3b 亚型的全长序列检测和基因分型,最终鉴定出基线RAS,对于HCV 3b的流行病学研究和DAA治疗方案的制订有重要意义.

关键词：肝炎病毒属、高通量核苷酸序列分析、基因型

所属期刊栏目：36

分类号：R512.63(传染病)

资助基金：广州市医药卫生科技项目;广东省医学科学技术研究基金项目;广州市医学重点学科建设项目

在线出版日期：2020-04-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：94-97