重症COVID-19肺炎肺纤维化关键基因的筛选

摘要：

目的 通过生物信息学方法筛选重症COVID-19 肺炎患者肺纤维化的关键基因,并预测重症COVID-19 肺炎肺纤维化的潜在治疗性中药.方法 从GEO数据库中下载重症COVID-19 肺炎肺纤维化的表达矩阵(GSE206788),通过 R 语言确定重症 COVID-19 肺炎肺纤维化组与正常对照组的差异表达基因(DEGs),进行基因本体(gene ontology,GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析,同时进行蛋白质互作网络分析,5 种算法取交集得到关键基因,通过Coremine Medical平台筛选可能的治疗中药.结果 共筛选出249 个差异基因,GO功能注释结果显示,DEGs主要在信号转导、免疫应答、炎症反应、质膜、细胞外区域、蛋白质结合功能等富集.KEGG通路分析结果显示,DEGs主要在癌症、磷脂酰肌醇 3-激酶(phosphatidylinositol 3-kinase,PI3K)/蛋白激酶B(protein kinase B,Akt)、丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)等信号通路富集.共筛选出 10 个关键基因:IL-10、IRF4、JUN、PTK2、TNF、KDR、CXCL8、SMAD3、NOTCH1、RPS27A,通过Coremine Medical平台筛选得到黄芩、黄芪、茶树根、人参、灵芝、丹参等多味具有潜在疗效的中药.结论 本研究筛选出了重症COVID-19肺炎肺纤维化的关键基因及预测了潜在的治疗性中药,为临床治疗的研究提供了参考.

关键词：COVID-19、肺纤维化、生物信息技术、中药预测

所属期刊栏目：28

分类号：R73;R392;TP311.13

在线出版日期：2023-11-13（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：1640-1645