非小细胞肺癌差异基因的筛选及预后分析

摘要：

目的 利用生物信息学方法分析非小细胞肺癌(NSCLC)基因表达谱芯片,筛选差异基因,分析其与预后的关系.方法 从GEO数据库下载芯片数据(GSE19804、GSE27262、GSE18842),利用GEO2R软件筛选差异基因,通过基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)进行差异基因的功能及通路富集分析,用STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用网络,Cytoscape筛选出核心基因.Kaplan-Meier plotter数据库进行预后分析,采用实时荧光定量PCR(QPCR)检测目的基因在NSCLC组织中的表达.结果 共筛选出401个差异表达基因,GO分析结果表明差异基因主要参与血管生成、细胞粘附、调节细胞增殖等生物学过程.通过Cytoscape软件筛选出29个核心基因.预后分析显示ASPM低表达患者的总生存期较高表达患者明显延长.QPCR显示ASPM在NSCLC组织中高表达,差异有统计学意义.结论 ASPM在NSCLC组织中高表达,与患者的预后相关,可能是NSCLC潜在的治疗靶点.

关键词：生物信息学、非小细胞肺癌、基因表达、预后

所属期刊栏目：25

资助基金：南医大高水平创新团队No.JX102GSP201727

在线出版日期：2020-04-20（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：578-583