CDKN2A基因在非小细胞肺癌中表达及生物学功能生物信息分析

摘要：

目的 探讨细胞周期蛋白依赖激酶抑制剂2A(CDKN2A)在人非小细胞肺癌(NSCLC)中表达、生物学功能和患者预后的关系.方法 应用生物信息分析技术探讨癌症基因组图谱数据库(TCGA)中CD-KN2A在NSCLC患者肿瘤组织和正常肺组织中的表达情况.采用蛋白-蛋白相互作用(PPI)数据库STRING分析CDKN2A编码蛋白作用网络,并进行聚类分析.采用基因本体论(Gene Ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEEG)富集CDKN2A和相关蛋白的生物学功能和信号通路.同时分析CDKN2A高低表达与NSCLC患者的无疾病进展生存和总生存的关系.同时采用免疫组化检测62例NSCLC患者癌组织和癌旁组织中CDKN2A表达情况分析CDKN2A阳性和阴性表达组患者生存期是否存在差异.结果 CDKN2A基因在多种实体肿瘤包括乳腺癌、食管癌、肠癌等中表达水平明显上调.在NSCLC患者癌组织中CDKN2A表达水平明显高于正常肺组织(P<0.05).而CDKN2A表达水平与肿瘤分期无明显相关性(P>0.05).CDKN2A相关蛋白PPI网络中,相互作用关系指数为24.8,区域聚类指数为0.74,相互作用蛋白呈现明显的聚类表达(P<0.05).CDKN2A编码蛋白主要定位在细胞核、细胞膜和囊泡;分子功能主要为蛋白结合、核蛋白结合和铁结合.而生物学过程主要集中于代谢、细胞增殖及对刺激的反应.KEGG信号通路主要为细胞周期调控、DNA蛋白结合以及Wnt信号通路.CDKN2A高表达NSCLC患者总生存期明显低于低表达组,且差异有统计学意义(HR=1.3,P=0.02),而CDKN2A高低表达组间NSCLC患者无疾病进展生存无统计学差异(HR=0.94,P=0.59).62例NSCLC患者癌组织中CDKN2A阳性表达11例(17.7)而对应癌旁组织中阳性表达49例(79.0％),癌组织中CDKN2A阳性标的率显著高于癌旁组织(P<0.05).而CDKN2A阳性组与阴性组患者生存期差异无统计学意义(HR=0.99,P>0.05).结论 CDKN2A在NSCLC患者癌组织中表达升高,并与患者预后不良有关,有望成为NSCLC预后和治疗的靶点.

关键词：非小细胞肺癌、CDKN2A基因、预后、生物信息分析

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在线出版日期：2020-04-10（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：196-200