细菌聚类新方法:ddT聚类技术分析香根草联合固氮菌多样性

摘要：

利用高分辨率的聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,采用新型遗传分析仪Li-COR 4300L,结合测序的双脱氧链终止法原理,建立了基于16S rDNA序列T碱基分布特征的一种新的细菌多样性聚类技术--ddT聚类技术.应用该新的ddT聚类技术对分离自香根草的47株联合固氮菌多样性进行了聚类分析,获得了6个不同的主要类群,表明香根草联合固氮菌具有较大的遗传资源多样性.应用SDS-PAGE全细胞蛋白质电泳和DNA指纹图谱方法对该聚类结果进行验证,结果表明,该新聚类技术可以应用于细菌的多样性聚类分析.16S rDNA序列测定和系统发育分析表明,供试的联合固氮菌分别与y-变形杆菌纲(y-proteobacteria)的阴沟肠杆菌(Enterobactercloacae).Enterobacter ludwigii,Pantoea ananatis,恶臭假单胞菌(Pseudomonas putida),荧光假单胞菌(Pseudomonas fluorescens)和β-变形杆菌(β-proteobacteria)的中型假食酸菌(Pseudaci-dovorax intermedius),Mitsuaria chitosanitabida,越南伯克氏菌(Burkholderia vietnamiensis),佛莱辛草螺菌(Herbaspirillum frisingense)亲缘关系相近,其中肠杆菌属、伯克氏菌属和泛菌属是香根草联合固氮菌的优势类群,分别占分离菌株总数的45%,19%和13%,它们一起构成了分离菌株总数的77%.

关键词：ddT聚类、SDS-PAGE、DNA指纹图谱、香根草、联合固氮菌

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分类号：Q94(植物学)

资助基金：国家自然科学基金30470002;30770001;教育部新世纪优秀人才支持项目NCET-07-03-15;广东省番禺区科技攻关项目基金资助

在线出版日期：2011-05-17（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页码：562-571