水稻全基因组R基因鉴定及候选RGA标记开发

摘要：

用45个已知功能的植物抗病(R)基因序列对粳稻全基因组序列进行搜索, 共找出2119个R基因同源序列或类似物(RGA), 表明RGA在水稻基因组中成簇存在, 呈非随机分布. 采用隐马尔柯夫模型(HMM), 将这些RGA按其功能域分成了21类. 将粳稻的RGA与籼稻的基因组序列进行比较, 共找到702个两亚种间等位的RGA, 并发现其中有671个(占95.6%)RGA的基因组序列(包括编码区和非编码区)在两亚种间存在长度差异(InDel), 表明水稻RGA在两亚种间存在很高的多态性. 通过在InDel两侧设计引物并进行e-PCR验证, 共开发出402个基于PCR的、表现为共显性的候选RGA标记. 这些候选标记在两亚种间的长度差异在1～742 bp之间, 平均为10.26 bp. 有关数据均可从我们的网站(http://ibi.zju.edu.cn/RGAs/index.html)上获得.

关键词：水稻、抗病基因、RGA、多态性、分子标记

所属期刊栏目：50

分类号：S511(禾谷类作物)

资助基金：国家高技术研究发展计划863计划2003AA207160,2002AA234031;福建省自然科学基金B9910011

在线出版日期：2005-08-11（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：1085-1089