基于生物信息学方法分析GABRD基因在结肠癌中的表达及预后情况

摘要：

采用生物信息学方法探讨GABRD基因在结肠癌样本中的表达及预后情况.通过UCSCXENA下载33种肿瘤类型和正常组织的RNA序列数据和相关临床数据,使用R软件分析GABRD基因在结肠癌样本中的表达,并筛选共表达基因,对其进行富集分析;分析GABRD 基因对结肠癌患者生存及预后的影响,并建立预后列线图;构建GABRD)基因的蛋白质-蛋白质相互作用(protein-proteininteraction,PPI)网络并筛选关键模块及枢纽基因,验证枢纽基因的生存及临床诊断价值.结果表明:GABRD基因在结肠癌样本中高表达并影响患者生存,筛选得到369个共表达基因,基因本体论(gene ontology,GO)功能富集发现其主要参与G蛋白偶联等生物学过程,京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集显示其主要参与AMPK等信号通路;构建出由51个节点和523个连接组成的PPI网络,筛选枢纽基因5个,其中2个显著影响生存,5个具有临床诊断价值.综上,GABRD基因在结肠癌样本中高表达,影响结肠癌患者生存及预后,可能是结肠癌发生发展过程中的关键基因.

关键词：GABRD基因、结肠癌、生物信息学

所属期刊栏目：23

分类号：R34(人体生物化学、分子生物学)

资助基金：河北大学医学学科培育项目2020B13

在线出版日期：2023-09-07（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共12页

页码：8596-8607