基于改进适应度函数的RNA结构预测

摘要：

RNA二级结构预测是生物信息学的重要研究内容.提出了一个新的启发式算法进行带假节的RNA结构预测.首先通过对RNA序列的若干特征和RNA二级结构进行相关性分析,从中选择跟RNA结构有较大相关性的特征;然后依据遗传算法、综合自由能、被选择茎区的条数以及被选择茎区的平均长度等特征来构造打分函数预测RNA的结构.对该方法进行了测试,结果表明采用的从特征分析中得出的打分函数,以及通过启发式算法来叠加茎的方法是有效的.在对tRNA以及5SrRNA等序列的预测上,相比单纯的自由能最小方法有更高的准确性.并且该方法进一步推广到预测含假结的RNA的二级结构时,也有较好的结果.

关键词：RNA、相关性分析、遗传算法、适应度函数

所属期刊栏目：13

分类号：TP301.6(计算技术、计算机技术)

资助基金：国家自然科学基金61003164

在线出版日期：2013-12-05（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：9207-9213