基于希尔伯特分形的基因组序列压缩算法

摘要：

给出一种基于希尔伯特分形的基因组序列压缩算法。为充分利用碱基间的相关性，算法首先使用希尔伯特分形曲线将基因组序列从一维映射到二维，从而得到映射图像。再对映射图像使用Context加权建模熵编码技术进行压缩。在Context加权中，权值的确定与各Context模型对应的描述长度有关。当接收端收到压缩图像后，对其进行解码，然后根据拟希尔伯特逆矩阵将映射图像转为一维，从而获得基因组序列。实验结果表明，尽管基于希尔伯特空间填充的二维基因组Context建模会引入无效编码区，但最终的压缩结果要略好于其他直接进行Context建模的算法。

关键词：基因组压缩、希尔伯特空间填充、Context加权、描述长度

分类号：TP919.1

资助基金：云南省自然科学基金青年基金资助项目2013FD042；云南大学研究生重点科研基金资助项目ynuy201383．

在线出版日期：2015-01-07（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：42-46,65