两个糙皮侧耳菌株的比较基因组学研究

摘要：

随着糙皮侧耳基因组测序的完成,基因组数据的深入挖掘和利用成为研究重点.本研究基于较高质量的糙皮侧耳CCMSSC00389-1和CCMSSC03989-1基因组图谱,开展了种内比较基因组学分析.CCMSSC00389-1和CCMSSC03989-1的11条染色体序列表现出良好的共线性,且分别含有89.92％和91.68％的保守基因.对菌株特有基因的GO富集分析表明,两菌株各自分化出一些独特的调控方式或途径.CCMSSC00389-1和CCMSSC03989-1之间共存在931 542个单核苷酸多态性位点,231 654个插入/缺失和9 221个结构变异.对与遗传变异重叠基因的GO富集分析表明,碳水化合物降解、物质运输/催化和调控/蛋白活性相关的基因分别容易发生SNP、In/Del和SV变异.CCMSSC00389-1中50.326kb缺失序列的断点两侧含有双链断裂修复(DSB)信号,推测DSB介导50.326kb序列的缺失.

关键词：比较分析、遗传变异、GO富集分析、生物信息学

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资助基金：现代农业产业技术体系;中央级科研院所基本科研业务费专项;农业资源与农业区划研究所应急性项目

在线出版日期：2020-04-09（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共11页

页码：2133-2143