40株新城疫病毒全基因组的比较研究

摘要：

利用作者单位测得的和从GenBank检索得到的40株新城疫病毒(NDV)全基因组序列,采用SMS、DNAStar等生物信息分析软件,比较分析NDV全基因组的基本特征和分子进化规律.结果表明: 40株NDV全基因组核酸序列长度有3种:15186、15192、15198 nt,均符合6倍数规律;基因组A+T含量占53%～54%,C+G含量占46%左右;NDV基因组前三分之一(4500 nt前)序列存在高GC含量区,特别是在大约1200～2400 nt区域,GC含量最高达到69%;F基因片段构建的分子进化树显示,40株NDV划分为两大类(ClassⅠ,ClassⅡ),基因组长度为15198 nt的毒株属于ClassⅠ,其余的属于ClassⅡ;ClassⅡ毒株又分为基因Ⅰ～Ⅶ型,这些已测序的毒株中没有基因Ⅷ和Ⅸ型;病毒6个基因CDS序列构建的进化树显示,各基因进化基本保持一致,仅少数毒株存在差异,可能与病毒分子的基因重组有关.

关键词：新城疫病毒、全基因组、生物信息学、比较

所属期刊栏目：29

分类号：S852.65+9.5(动物医学（兽医学）)

资助基金：国家自然科学基金30630048;江苏省高校自然科学基础研究计划面上项目06KJB230136;07KJB230140;江苏省重点实验室基金02734300302

在线出版日期：2008-07-03（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

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