红光、蓝光处理下马铃薯转录组特异表达基因密码子的偏好性分析

摘要：

以红光、蓝光处理下的马铃薯转录组数据为基础,以白光为对照,各筛选出1 206条、691条特异表达基因.通过CodonW、CUSP对筛选出的基因编码序列(CDS)进行密码子使用偏好性分析.结果表明,在红光、蓝光处理下,马铃薯对基因密码子的使用偏好性都较弱,都偏好使用A或T(U)结尾的密码子.在2种光质处理下,特异表达基因序列密码子的GC总量都与同义密码子在第3位的胞嘧啶和鸟嘌呤含量(GC3s)有极显著相关性.在2种光质处理下,高频密码子[相对同义密码子使用度(RSCU)>1.00]均为30个,且高频密码子类型完全一致.从ENc-plot、PR2-plot和中性绘图结果可以看出,2种光质处理下的特异表达基因主要受到自然选择的影响.本研究还分别从蓝光、红光处理的特异表达基因中筛选26个、28个最优密码子.从马铃薯在不同光质处理下特异表达基因与其他生物密码子使用频率的比值及聚类分析结果可以看出,番茄、烟草均可作为红光、蓝光处理下马铃薯特异表达基因的异源表达受体.

关键词：红蓝光、马铃薯、转录组、特异表达基因、密码子、偏好性

所属期刊栏目：40

分类号：S532.01(薯类作物)

资助基金：江苏农林职业技术学院院级科研项目;江苏农林职业技术学院亚夫科技创新与服务项目

在线出版日期：2024-09-24（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共13页

页码：1199-1211