长链非编码RNA HAGLROS在胃癌中的生物信息学分析

摘要：

目的 利用生物信息学方法分析长链非编码RNA HAGLROS在胃癌中的意义,对HAGLROS的靶基因及相关生物学过程和通路进行预测,并建立HAGLROS-miRNA-mRNA网络.方法 运用UCSC Xena、UALCAN、GEPIA数据库进行基因在胃癌中的差异表达分析;癌症基因组图谱(TCGA)数据库结合R语言分析HAGLROS的共表达基因;STRING数据库结合Cytoscape软件进行蛋白质互作网络(PPI)分析及关键基因的筛选;miRDB、LncBase、RNAhybrid数据库预测与HAGLROS相互作用的微小RNA(miRNA);miRDB、miRTarBase、TargetScan数据库结合R语言进行miRNA下游靶基因的预测;R语言及WebGestalt、Metascape在线数据库进行基因本体论(GO)和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析;运用R软件对结果进行绘图.结果 HAGLROS在胃癌中高表达,与胃癌患者的总生存期相关.HAGLROS在胃癌中的共表达基因有301个,可能与胚胎器官生长发育、神经生长等生物学过程以及Wnt、Notch、干细胞多能性调控等信号通路有关,其关键基因与胚胎生长发育及神经生长密切相关.NES、FGF8、FGF3可能是与HAGLROS联系最为密切的3个基因.HAGLROS-miR-1976-ORAI2轴可能参与调控胃癌发生发展的过程.结论 HAGLROS在胃癌中高表达,可能与胚胎生长发育和神经生长生物学过程以及Wnt、Notch、干细胞多能性调控等信号通路有关,其可能是通过调控关键基因NES、FGF8、FGF3以及HAGLROS-miR-1976-ORAI2轴促进胃癌的发生发展,影响胃癌患者的预后.

关键词：HAGLROS、胃癌、长链非编码RNA、生物信息学、共表达基因、靶基因

所属期刊栏目：26

分类号：R735.2;Q786(肿瘤学)

资助基金：南京医科大学科技发展基金NMUB20210183

在线出版日期：2022-11-03（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：57-64