应用符号动力学原理实现RNA二级结构的相似性分析

摘要：

基于符号动力学原理,提出了一种新的RNA二级结构序列的图形表示方法.通过生物信息和自由能两种信息,该图形表示方法将RNA二级结构序列中的自由基和碱基对分别映射成两类时间序列.这种映射方法不仅能够在转换过程中不丢失任何数据信息,而且在二维图形中也能够清楚地识别配对碱基所在的区域.基于该图形表示方法对二级结构的表示结果构建特征矩阵.进一步由该特征矩阵的最大特征值组成用于相似性分析的向量.采用新的相似性分析方法,分别从时域和频域对不同病毒在3’末端的RNA二级结构序列集合进行定性和定量的相似度分析.仿真结果表明,该方法能够有效地实现RNA二级结构序列的相似度分析.与其他方法相比,新方法所得结果中数值差值较大,有利于区分不同物种.

关键词：RNA二级结构、相似性分析、图形表示、符号动力学、离散傅里叶变换

所属期刊栏目：50

分类号：TP391;Q71(计算技术、计算机技术)

资助基金：中央高校基本科研业务费专项项目CDJXS10160001;国家自然科学基金项目61001157,61101232;西南大学博士基金项目SWU111027

在线出版日期：2013-04-03（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：445-452