时序微阵列数据中的同步和异步共调控基因聚类

摘要：

基因的共调控可分为同步和异步两种.文中提出了一种新的聚类模型Reg-Cluster,将具有相同编码的同步和异步共调控基因聚集到同一个共调控基因类中.在此基础上,提出了一种有效的聚类算法FBLD,采用先宽度优先、后深度优先的搜索策略,并结合高效的削减规则,挖掘得到所有符合条件的最大Reg-Cluster.聚类结果中包含了详细而完备的共调控信息,有助于基因调控网的研究.算法可扩展用于三维基因-样本-时间微阵列数据集的分析.FBLD算法已经应用到真实和人造微阵列数据集中,其结果被提交到Gene Ontology,实验结果证明了算法的高效性和有效性.

关键词：同步/异步共调控、活化/抑制共调控、聚类、时间序列、基因本体

所属期刊栏目：30

分类号：TP311(计算技术、计算机技术)

资助基金：国家自然科学基金60573089;国家科技攻关计划2004BA721A05

在线出版日期：2007-10-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共13页

页码：1302-1314