基于RNA-Seq的转录组分析方法

摘要：

RNA-Seq技术凭借测序成本低、精度高、覆盖范围广等优点,已经成为了转录组分析的重要方法,为研究基因表达模式、疾病的生物标志物探测、作物抗逆性研究和分子育种等提供了新的手段.然而,RNA-Seq产生的海量数据也给数据分析带来了挑战,如何有效地对RNA-Seq数据进行处理和分析成为了生物信息学研究的热点.文中对基于RNA-Seq技术的转录组分析流程进行介绍,包括RNA-Seq数据预处理、差异表达分析和高层分析.其中,RNA-Seq数据预处理即对原始测序数据进行质控和定量计算;差异表达分析则是对基因进行筛选,通常基于统计学或机器学习两种方法;高层分析是对差异基因进一步处理,通过富集分析等手段确定基因功能和调控网络.最后,对基于RNA-Seq的转录组分析方法的发展进行了探讨.

关键词：RNA-Seq、转录组分析、机器学习、差异表达分析、富集分析

所属期刊栏目：47

分类号：TP391;R318(计算技术、计算机技术)

资助基金：国家自然科学基金;北京市教委科技计划重点项目;北京市属高校高水平创新团队建设计划项目;国家重点研发计划子课题;2020年度研究生创新项目

在线出版日期：2020-12-03（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：35-39