基于RNA-Seq数据集的转录组从头拼接算法

摘要：

转录组拼接是基因组测序与功能注解问题的一个重要组成部分.为了提高转录组拼接的精度和效率,文中提出了一种新的转录组从头拼接算法StepLink .该算法的主要创新点是提出了最左k-mer (长度为 k的短序)和右k-mer的概念,并运用双重哈希表来存储相邻的每对k-mer ,使得拼接更加迅速、准确.应用该算法对SRA数据库中人、狗和老鼠的测序数据分别进行拼接,结果表明该算法比其他已有算法更高效.

关键词：转录组、RNA-Seq、K-mer、从头拼接算法

所属期刊栏目：45

分类号：TP301.6(计算技术、计算机技术)

资助基金：国家自然科学基金61572358;天津自然科学基金16JCYBJC23600

在线出版日期：2019-01-17（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共5页

页码：308-312