基于空间映射的蛋白质相互作用网络链接预测算法

摘要：

蛋白质间的相互作用预测问题本质上是复杂网络的链接预测问题.到目前为止,已经有很多方法用于链接预测,这些方法要么只考虑拓扑信息,要么只考虑蛋白质相互作用网络内部的交互信息,但是仅考虑一种信息来预测蛋白质的交互信息是远远不够的.因此提出了一种新方法:将蛋白质相互作用网络看作是一个有权图,根据网络中两节点的拓扑结构和属性信息,分别计算它们的拓扑相似度和属性相似度来预测它们之间是否存在链接关系.在两种相似度平衡方面,考虑基于空间映射的方法,将它们独立地映射到另一空间,并且使它们分别映射的空间尽量相近,从而使得拓扑信息、属性信息有机融合.实验结果表明,提出的算法具有较好的准确率和良好的生物统计特性.

关键词：蛋白质相互作用网络、链接预测、空间映射

所属期刊栏目：43

分类号：TP311(计算技术、计算机技术)

资助基金：国家自然科学基金61379066,61070047,61379064,61472344;江苏省自然科学基金BK20130452,BK2012672,BK2012128;江苏省高校自然科学基金12KJB520019,13KJB520026

在线出版日期：2016-08-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：413-417,434