基于MapReduce的基因读段定位改进算法

摘要：

由于高通量测序技术产生了海量基因读段数据,并行的基因读段定位算法成为近年来的研究热点.对基因匹配算法进行研究,提出了一种基于MapReduce的基因读段定位改进算法,并且通过在读段定位过程中融入生物信息以及利用Hadoop分布式缓存机制,在一定程度上降低了算法的复杂度.在拟南芥菜基因数据集上进行的实验表明,该算法能够有效提高算法执行效率,减少算法执行时间.

关键词：读段定位、MapReduce、SeqMap

所属期刊栏目：42

分类号：TP301(计算技术、计算机技术)

资助基金：国家自然科学基金61272222,61003116;江苏省自然科学基金重点重大专项BK2011005;江苏省自然科学基金BK2011782;江苏省普通高校研究生科研创新计划项目CXLX12_0415

在线出版日期：2015-10-12（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：82-85