一种改进的基于加权网络的蛋白质复合物识别算法

摘要：

不断增长的蛋白质相互作用数据使我们能够采用计算方法预测蛋白质复合物.然而,由于实验条件和技术的限制,现有的PPI网络中包含噪声.为了降低噪声对复合物识别所产生的负面影响,提出了一种改进的名为WPC的算法,用于从加权网络中识别蛋白质复合物.给定一个选定节点,所有邻居节点组成候选集,候选集中节点的邻居节点组成邻居集.对于候选集中的节点,若该节点在候选集与邻居集间的加权比低于设定阈值,则将该点剔除.处理后的候选集被标记为复合物.对于没有包含在任何复合物中的节点,如果节点在某一复合物内的平均加权度超过一个自适应的阚值,则将其补充到该复合物中.对WPC算法和现有的几种经典蛋白质复合物识别算法的性能进行了综合比较.实验结果表明,WPC算法的性能优于几种对比的复合物识别算法.

关键词：平均加权度、蛋白质复合物、蛋白质相互作用网络、加权比

所属期刊栏目：41

分类号：TP301(计算技术、计算机技术)

资助基金：国家自然科学基金61232001;湖南省十二五规划课题XJK011CXJ002

在线出版日期：2014-07-29（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：231-234