基于GPU的非标记定量软件QuantWiz并行化实现

摘要：

QuantWiz是一款基于质谱的非标记定量软件,可很好地应用于定量蛋白质组学.实验数据的日益增大,使定量的计算量巨大,耗费时间长.GPU以几百GFlops甚至上TFlops的运算能力,为定量蛋白质组学这样的计算密集型应用提供了良好的加速方案.对QuantWiz软件做了深入的研究与分析,找到了软件性能的热点模块所在,提出了该软件在GPU上的加速方案——GPU-QuantWiz,并进行了实现.性能测试显示,在Tesla C1060上,该方案的平均加速比达到9.66倍,得到了良好的加速效果.同时,该方案还可以扩展到两块及以上的GPU上,具有良好的可扩展性.

关键词：非标记定量、蛋白质组、QuantWiz、GPU、并行计算

所属期刊栏目：39

分类号：TP312(计算技术、计算机技术)

资助基金：中科院知识创新工程重大项目KGCX1-YW-13

在线出版日期：2012-07-31（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：285-288