应用于癌症基因表达数据的OMB双向聚类算法

摘要：

癌症基因表达数据的聚类分析可以为癌症的早期诊断和精确的癌症亚型分型提供依据.针对癌症基因表达数据的特点,提出一种称为OMB(Override Matrix Bicluster)的双向聚类算法.OMB算法分别在基因表达数据矩阵的行和列上搜索低于阈值的行和列,用删除添加算法产生一个子矩阵；构建与基因表达矩阵大小相同的覆盖矩阵,标识矩阵中上一次迭代产生的子矩阵的位置；在标识出来的矩阵中,重复贪婪迭代搜索找到K个聚类结果.Matlab实验结果表明OMB算法对具有重叠结构的癌症基因表达数据具有更好的聚类效果.

关键词：癌症基因表达数据、双向聚类算法、贪婪迭代、覆盖矩阵、平均平方残基

所属期刊栏目：47

分类号：TP301.6(计算技术、计算机技术)

资助基金：河北省教育厅自然科学研究计划资助项目2009339

在线出版日期：2012-02-21（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：237-240