用SVM和FFT对膜蛋白功能分类

摘要：

膜蛋白在细胞生命活动中扮演着重要的角色.目前,有很多方法用来预测和分类膜转运蛋白.然而,预测膜蛋白功能的工作并不多.为了解决这个问题,基于蛋白质序列信息结合快速傅里叶变换利用支持向量机的方法预测来自TCDB数据库中的channels/pores,electrochemical potential-driven transporters和primary active transporters三类膜转运蛋白共1817条蛋白质的功能.模型使用20种氨基酸的分布,残基的疏水性、平均极性和溶剂化自由能为原始的特征数据,利用快速傅里叶变换将其转化为频域上的信息作为机器学习的特征输入.通过五倍交叉检验预测准确率达到了72.1%,而先前的文献报道的准确率为68.1%.论文的研究证明该方法可以有效地对channels/pores,electrochemical potential-driven transporters和primary active transporters三种不同功能的膜转运蛋白进行功能分类.

关键词：支持向量机、快速傅里叶变换、疏水性、平均极性、溶剂化自由能

所属期刊栏目：45

分类号：O236(控制论、信息论（数学理论）)

资助基金：国家自然科学基金the National Natural Science Foundation of China under Grant 10271061.90208022,10671 100,68075049;天津市自然科学基金the Natural Science Foundation of Tianjin City of China under Grant 07JCZDJC06400

在线出版日期：2009-06-26（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共4页

页码：22-25