GPU加速的生物序列比对

摘要：

为了精确高效地进行生物序列比对,提出一种GPU加速的Smith-Waterman算法.该算法使用菱形数据布局以更充分地利用GPU的并行处理能力;使用查询串分批处理技术来支持上百兆规模的序列比对;同时引入树形算法,以优化最大匹配值的计算.将该算法在一块NVIDIA GeForce GTX 285显卡上实现,并使用多组不同规模的生物序列进行了比对实验.实验结果表明,与CPU上的串行算法相比,采用文中算法最高可获得120倍以上的性能提升.

关键词：Smith-Waterman算法、序列比对、CUDA

所属期刊栏目：22

分类号：Q811.4;TP391(生物工程学(生物技术))

资助基金：国家自然科学基金60803054

在线出版日期：2010-05-04（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：420-427