广西凤山中籽茶群体种质SNP标记开发及遗传进化分析

摘要：

[目的]开发大量SNP标记用于油茶种质资源鉴定及其遗传差异化分析,为广西优良地方油茶种质资源的开发和利用提供依据.[方法]以广西凤山中籽茶 8 个居群 64 份种质资源的叶片为供试材料,参考已公布的茶树Camellia sinensis var.sinensis基因组进行酶切预测,选择最适酶切方案,对油茶基因组DNA酶切构建SLAF-seq文库,利用SLAF-seq测序技术对其进行高通量测序、SNP标记开发及其进化关系分析.[结果]通过对照组水稻(Oryza sativa)测序数据的评估检测,显示本次试验双端比对效率为 95.53%,酶切效率为 95.06%,表明SLAF建库正常;构建SLAF-seq文库并进行双端测序,平均测序深度为 13.43 x,共获得207.34 M的读长数据,测序平均Q30 为 88.94%,平均GC含量为 44.85%,共开发 879 284 个SLAF标签,其中多态性SLAF标签242 892个,共得到4 565 217个群体SNP,进一步地开发获得199 745个高一致性的SNP标记;基于高一致性SNP标记的遗传分析结果表明:可将这广西凤山中籽茶 8 个居群 64 份种质划分为 2 个大类群,4个亚类群,每个亚类群均由来源于1～3 个地方群体种质组成.[结论]本研究表明SLAF-seq测序技术可有效用于油茶群体种质SNP标记开发,其标记数量、质量及效率远远优于ISSR、SRAP、SSR等第一、二代分子标记技术;聚类分析表明,遗传变异多来自于群体内,群体间各群各自聚类、地域性相对明显,其遗传分化程度与地理距离远近呈现显著的正相关性.从全基因组范围开发的高质量SNP标记可进一步用于油茶种质资源鉴定、连锁图谱构建以及重要性状的关联分析等研究.

关键词：油茶、SNP、SLAF-seq、遗传分析

所属期刊栏目：41

分类号：S794.4(森林树种)

资助基金：广西重点研发计划项目;广西林业科技推广示范项目

在线出版日期：2023-10-25（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：169-175,186