新型冠状病毒ORF1ab/S/M蛋白遗传进化分析及mRNA疫苗抗原表位序列筛选

摘要：

目的 分析新型冠状病毒(SARS-CoV-2)ORF 1ab/S/M蛋白的遗传进化特性并筛选mRNA疫苗的抗原表位序列.方法 收集全球SARS-CoV-2的全基因组序列,比较ORF 1ab/S/M蛋白及核酸遗传差异并构建进化树,绘制遗传差异全球分布图.基于严重急性呼吸综合征冠状病毒(SARS-CoV)的研究基础,结合SARS-CoV-2的遗传差异,预测并筛选mRNA疫苗抗原表位候选序列.结果 全球新型冠状病毒肺炎(COVID-19)暴发地区SARS-CoV-2的ORF 1ab核酸序列相似性为100.0％,同源性为99.3％;S蛋白核酸序列相似性为100.0％,同源性为97.5％;M蛋白核酸序列相似性为100.0％,同源性为99.9％.三种蛋白遗传变异的全球分布显示,美洲地区与亚欧地区暴发的SARS-CoV-2存在明显差异.SARS-CoV-2 ORF 1ab蛋白区段筛选出11条B细胞和13条T细胞mRNA疫苗候选目标序列,S蛋白区段筛选出6条B细胞和4条T细胞mRNA疫苗候选目标序列,M蛋白区段筛选出3条B细胞和7条T细胞mRNA疫苗候选目标序列.结论 在美洲地区与亚欧地区暴发的SARS-CoV-2存在明显的遗传差异,通过构建新的线性抗原表位mRNA筛选策略,筛选出ORF 1ab/S/M编码区中多条引起免疫细胞响应的抗原表位序列,可为mRNA疫苗(串联抗原表位序列)研发、抗体制备及免疫机制研究提供参考.

关键词：新型冠状病毒、遗传进化、刺突蛋白、膜蛋白、抗原表位、mRNA疫苗

所属期刊栏目：45

分类号：R373.1(医学微生物学（病原细菌学、病原微生物学）)

在线出版日期：2020-12-18（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共7页

页码：1131-1137