女性非小细胞肺癌潜在相关基因的生物信息学分析及功能预测

摘要：

目的 通过对女性非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)相关基因的生物信息学分析和功能预测,探讨女性NSCLC的发病机制和预后生物标志物.方法 从基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)下载女性NSCLC患者的数据,使用limma包鉴定差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs).对 DEGs 进行基因本体(Gene Ontology,GO)和 Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)分析和构建蛋白质相互作用(protein-pro-tein interaction,PPI)网络分析.利用igraph包筛选关键DEG,利用Oncomine数据库及NSCLC细胞系验证关键DEGs的表达情况,并采用Log-rank检验分析关键DEGs的表达水平与女性NSCLC患者预后的关联.结果 共筛选出500个DEGs,GO富集分析表明,DEGs主要参与细胞增殖、细胞迁移和细胞外结构组成(均有P＜0.05).KEGG富集分析表明,这些途径主要与细胞外基质(extracellular matrix,ECM)受体相互作用、蛋白质消化吸收和白细胞跨内皮迁移信号有关.通过PPI网络分析得到3个关键DEGs:白细胞介素-6(interleukin-6,IL-6)、表皮细胞生长因子(epidermal growth factor,EGF)和基质金属蛋白酶-9(matrix metalloprotein-9,MMP-9).Oncomine数据库分析和NSCLC细胞系结果显示NSCLC组织和细胞系中IL-6的表达较低,而EGF 和 MMP-9 的表达较高.Log-rank 检验表明 IL-6(x2=6.90,P=0.009)和 EGF(x 2=7.73,P=0.005)表达与女性NSCLC患者预后有关.结论 在女性NSCLC患者中,IL-6和EGF可能是NSCLC发病与预后机制中的重要基因,是治疗的潜在靶点.

关键词：非小细胞肺癌、女性、生物信息学分析、差异表达基因

所属期刊栏目：27

分类号：R817.1(放射医学)

资助基金：安徽省高等学校优秀人才支持计划项目;安徽省卫生健康委员会科研项目;皖南医学院弋矶山医院引进人才基金

在线出版日期：2023-04-25（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共8页

页码：281-287,344