2015年昆明市柯萨奇病毒A16型VP1区基因特征分析

摘要：

目的 研究昆明市2015-2016年手足口病患儿肠道病毒分子流行病学及探讨柯萨奇病毒A组16型(coxsackievirus A16,CVA16)VP1基因遗传变异与其时间和空间分布模式的相关性.方法 采集患儿的咽拭子和肛拭子样本,采用逆转录聚合酶链式反应分子鉴定法分别扩增肠道病毒71型和CVA16的VP1基因全长,随机选取2015年9份CVA16阳性样本进行测序并与数据库参考株构建系统进化树.对不同年份来源的CVA16病毒株间遗传距离与分离年份时间进行相关性和回归分析,并分析不同地理群体间的遗传距离与地理距离的相关性(Mantel检测).结果 采样年度中大多数患儿为CVA16感染(咽拭子和肛拭子检出率分别为29.41％和15.69％),其与肠道病毒71型感染的比率分别为2.5 : 1和2.0 : 1.VP1基因系统进化分析显示9株CVA16昆明分离株均属于B基因型B1b亚型,且进一步划分成两个亚簇;种系进化及统计学分析显示VP1基因变异与时间推移和地理距离均具有正相关关系(均有P＜0.05).结论 2015年昆明市9株CVA16分离株为新生成的变异毒株,提示CVA16在昆明存在一定的地域流行特点.

关键词：手足口病、柯萨奇病毒A16型、VP1区、基因特征、系统进化分析

所属期刊栏目：22

分类号：R373.2(医学微生物学（病原细菌学、病原微生物学）)

资助基金：云南省教育厅科学研究基金项目2015C024Y

在线出版日期：2018-08-27（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共6页

页码：607-612