青梗花椰菜和白梗花椰菜转录组分析

摘要：

为探讨花椰菜花梗颜色的遗传基础,采用高通量测序技术(IlluminaHiSeq 4000)对青梗和白梗花椰菜进行转录组测序,共获得52 253 822个序列读取片段(reads),对测序的结果从头组装获得66 450个单基因(Unigene),N50为1 285 bp,平均长度为717.40 bp.转录物注释结果显示,45 390个基因有同源比对信息;21 060个基因无匹配序列信息,可能为花椰菜特异的基因序列.对所得差异基因(DEGS)进行不同数据库注释,GO注释到2 540个DEGS,分为细胞组分、分子功能及生物学过程3大类54个功能组;COG注释到的753个Unigene功能系统分为24类;以KEGG数据库为参考,将946个DEGS定位到1 19个代谢途径分支,注释到6个差异基因与类胡萝卜合成途径有关,9个DEGS与类黄酮生物合成途径有关,1个DEGS与叶绿素代谢相关,且与花椰菜的花梗颜色形成密切相关.16个差异基因通过qRT-PCR验证,结果与RNA-Seq测序结果一致.本研究结果进一步揭示花椰菜花梗颜色的形成机理,为花椰菜品种遗传改良奠定了一定的理论基础.

关键词：花椰菜、转录组、测序、基因分析、功能注释

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资助基金：福建省属公益类科研院所基本科研专项2018R1026-10;福建省属公益类科研院所基本科研专项2017R1026-6;福建省自然科学基金项目2015J01118;福建省农业科学院创新团队PI项目2016PI-40

在线出版日期：2018-09-28（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

页数：共13页

页码：1708-1720